首都医科大学是全国著名的医科院校，全国医学实力稳居前十强（军事医科院校不参与此项排名），在第七名上下。学校校本部设有10所学院，包括基础医学院、公共卫生与家庭医学学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、继续教育学院及国际学院；学校现拥有16所临床医学院（其中15所临床医学院是附属医院），包括宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院（第二临床医学院）、附属北京朝阳医院（第三临床医学院）、附属北京同仁医院（第四临床医学院）、附属北京天坛医院（第五临床医学院）、附属北京安贞医院（第六临床医学院）、附属复兴医院（第八临床医学院）、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京胸科医院（第十临床医学院）、附属北京儿童医院（儿科医学院）、附属北京口腔医院（口腔医学院）、附属北京安定医院（精神卫生学院）、附属北京妇产医院（妇产医学院）、附属北京世纪坛医院（肿瘤医学院）、附属北京中医医院（中医药临床医学院）和康复医学院（中国康复研究中心），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。学校还设有首都医科大学神经外科学院、首都医科大学眼科学院、首都医科大学耳鼻喉科学院3个专科学院以及30个专科学系。
    康复专业是全国是第一，七年制专业临床医学和口腔医学非常好，假肢矫形工程、护理也不错。