合肥市最好的大学是中国科学技术大学，也叫中国科大、中科大，是全国著名大学，中国科学院唯一的直属大学，全国综合实力十几名，自然科学（即理科）实力第七，理学学科全国第三。未来的几年中国重大发明最有可能出现在中科大，同时中国科大也是中国建设世界一流大学九所院校之一，其余八所分别是北大、清华、浙大、复旦、南京大学、上海交大、哈工大。
    合肥工大也是合肥市非常好的大学，典型理工科大学，国家211工程大学，全国综合实力排名第七十名。
    第三名是安徽大学，也是211工程大学，全国综合实力在九十名上下。
    安徽农大是省内农业最好，安徽医大是安徽省医学最好，安徽中医是省内中医学强校。
    另外，安徽新华、安徽三联也是全国很好的民办本科院校。

2010年合肥本科大学名单
中国科学技术大学
合肥工业大学
安徽大学
安徽农业大学
安徽医科大学
安徽中医学院
安徽工程大学
安徽建筑工业学院
合肥师范学院
合肥学院
安徽新华学院
安徽三联学院